有机质含量是判断土壤肥力的重要标志，土壤有机质和全氮与果实含糖量正相关，全磷和全钾与糖酸比呈正相关。而果园施用有机肥可提高土壤有机质含量。因此耕种帮建议选择适合的有机肥是保证果树生长良好和提高果实品质的重要条件。
施用传统有机肥由来已久，到目前为止仍是多数果园秋季冬季施用基肥的主要做法，生产中常用的是堆沤肥、鸡粪、牛粪、猪粪、羊粪等畜禽粪便和人粪尿等。
其中，羊粪是天然绿色的肥料，含有机质4%～27%，比其他畜粪多，氮、磷、钾营养丰富，粪质较细，肥分浓厚，属热性肥料。鸡粪中含有丰富的营养成分，尤其鸡粪中的粗蛋白比较多，有机质含量达到25.5%，通过适当的加工利用就可以成为较好的绿色有机肥。猪粪含有有机质15%，总养分含量不高，碳氮比较小（14∶1），较容易被微生物分解，释放出可被作物吸收利用的养分。牛粪有机质含量14.5%，风干样品中含粗纤维43.6％，含氮、磷、钾三元素接近1%。
由于传统有机肥的每亩用量较大，施用时需要深挖深埋，劳动强度大，严重影响了果农秋施基肥、补充土壤有机质的积极性。加上目前果园生产人员日趋老龄化，施用传统有机肥受到了很大挑战，影响了果园可持续生产。
利用畜禽粪便、动植物残体等富含有机质的副产品资源为主要原料，经腐熟发酵后制成的肥料称为商品有机肥，它不包括绿肥、农家肥和农民自己积造的有机粪肥。
在养殖业大发展的今天，为了环境卫生，养殖场通常在处理畜禽粪便时添加较多的石灰、黏土等物料，这变相降低了作为商品有机肥原料的畜禽粪便的营养含量。因此耕种帮建议为了达到农业部的部颁标准，商品有机肥生产过程中要么添加作物秸秆共同发酵，要么直接添加一定比例的腐植酸原料，这样就相应提高了生产成本。
有机—无机复混肥虽然生产容易，但由于其有机质含量相对不高，如果作为果树基肥施用，在实际生产中必须加大用量，存在较大的浪费，甚至可能造成烧苗等负面效果，施用成本也大大提高。
生物有机肥是指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。由于其中添加了枯草芽孢杆菌、解淀粉菌芽孢杆菌等有益菌种，可分解利用土壤中的植物残体，故通俗的又称为“菌肥”。
生物有机肥营养元素齐全，能够改善土壤理化性状，增强土壤保水、保肥、供肥的能力。其中的有益微生物进入土壤后与土壤中微生物形成共生增殖关系，既抑制有害菌生长，又在生长繁殖过程中产生大量的代谢产物，促使有机物分解转化，直接或间接为作物提供多种营养和刺激性物质，促进和调控作物生长。连年施用可大大缓解连作障碍，减少环境污染，属环保型肥料。
生产中，有机质含量在50%以上的生物菌肥一般推荐每亩施120～150千克作为基肥或追肥使用，可减少劳动力投入。
传统的定植果园操作规程一般要求挖深、宽各80厘米的定植沟，在沟内填埋玉米或小麦秸秆，但在大规模实现机收机打、秸秆就地还田的今天，上述操作已经变得不易实现。
生草制是日本、欧美等果树生产先进国家和地区首选的地面管理制度。日本果园生草覆盖率在90%以上，欧美等国果园生草覆盖率也在70%以上。但生草制在我国果园生产中应用较少，许多果园以清耕和化肥为主，除草工作费工费时，且效率低下，部分果园借助除草剂，但降低了生产无公害程度，使用不当还会造成药害。
果园种植绿肥不仅能够增加果园土壤有机质含量，减少土壤水分蒸发，调节土壤温度，改善土壤理化性质，提高营养利用率，而且能够改善果树自身的生长状况，提高果园产量和品质，大大降低劳动管理强度，增加果园经济效益。
土地联产承包后，随着果园被分解为以家庭为主的经营方式，由于种植绿肥难以收到“立竿见影”的效果，且费工费时，果园绿肥应用面积大大下降，行间间作比例增加，此项措施未能得以推广。
为了改良土壤理化性状，提高果品质量，生产优质果品，节约劳动力，实现施肥省力化、省工化，建议在果园生产中，采用有机质含量40%以上的高浓度生物有机肥作为秋冬基肥施用，结合连年间作翻压绿肥，果树生长季节附之以适量的化肥作为补充，进一步优化果园肥料种类，营造精品优质果园。
