“保”护枝干和果实，具体包括保护剪锯口、保护枝干和保护果实三项内容。当侵染病菌不能彻底铲除时，保护寄主不受病菌的侵染就成为防治苹果轮纹病的主要措施。轮纹病菌主要从剪锯口、伤口、气孔和皮孔等部位侵染。轮纹病菌自剪锯口侵染的主要时期为4～6月，而从皮孔侵染的主要时期在6～9月。
(1)保护剪锯口。苹果树修剪后，应在48小时内，用油漆、成膜剂、含杀菌剂的成膜剂、贴膜、沥青、乳胶、包扎黄泥等方法保护较大的剪锯口，尤其注意保护主干和主枝上超过1厘米或2厘米的剪锯口。为了有效防止腐烂病菌从剪锯口侵染，剪锯口的保护时间至少要维持1个生长季节。对于小的剪锯口，可通过喷药保护，保护时间至少要维持到6月底。此外，在育苗期，每次修剪后，无论剪口大小都需涂布保护剂。
(2)保护枝干。对于成年大树，春季清园后所喷施的铲除剂需对枝干和剪口具有良好的保护效果，而且要求药剂持效期要维持到6月底。生长季节，结合叶部和果实病害的防治，每次喷药都需将药液均匀地喷洒到枝干上，并将枝干湿透。对叶部和果实病害具有良好防治效果的杀菌剂，也一定会有效保护枝干不受轮纹病菌和腐烂病菌的侵染。该项措施连续实施2～3年后，方可见到明显的效果。对于树龄5年生以下的小树，修剪并清园后全树涂布波尔多浆或其他药剂，对枝干和剪口也具有良好的保护效果，而且药剂的持效期，一般维持到6月底。6月底或7月初，主干和主枝再涂布1遍波尔多浆，或其他耐雨水冲刷的杀菌剂，持效期要求维持到9月。生长期每次喷药都要照顾到枝干。冬季枝干涂白是保护树体免受冻害和病菌为害的有效措施。枝干涂白宜在入冬前进行，幼树可全树涂白，成年大树可涂主干和主枝。涂白剂可用硫酸铜涂白剂(硫酸铜：生石灰：水=1：20：50)和石硫合剂涂白剂(石硫合剂原液：食盐：生石灰：水=l：l：6：20)，混加0.5％油脂)。幼树冬季涂白后，春季可不必再涂波尔多浆，但仍需保护剪锯口。
(3)保护果实。套袋是保护果实，防止轮纹病菌侵染的最有效方法；套袋前果实上需定期喷施保护性杀菌剂，使果实在每次降雨时都受到药剂保护。
