苹果树的生理病害是以微量元素的缺乏为主，大量元素缺乏为辅。由微量元素的缺乏而引起的生理病害种类较多，但在生产上常见的有黄叶病、小叶病、苦痘病、水心病等。
黄叶病
小叶病
苦痘病
水心病
果树生理病害的防治，首要的一条就是要正确诊断发病症状，其次根据症状找出发病原因，最后才能对症下药，保证防治效果。
苹果建园时，要选择以优良砧木嫁接的苹果苗木，如用新疆野苹果、海棠作基砧培育的抗病苹果苗木，才能从根本上减轻黄叶病的发生程度。施肥时遵循有机肥为主、化肥为辅的原则，注重农家肥的投入，如人畜粪尿、杂草、绿肥、作物秸秆，枯叶等，这些农家肥必须经过充分腐熟才能施入。由于有机肥养分全且含有大量有益的微生物，既能熟化土壤，改良土壤的理化性质，又能满足苹果树对各种营养元素的需求，所以，可从根本上减轻生理病害的发生。
由于生理病害不传染，所以在防治时可重点防治发病较重的果树。根据发病原因，结合秋季施肥，每株结果树施硫酸亚铁0.5～1.0千克（1千克是2斤）或硫酸锌0.5～1.0千克，或在苹果开花前后株施150～300克的硝酸钙，可有效预防黄叶病、小叶病及苦痘病的发生。对缺氮性黄叶病，除施基肥外，可在春季发芽前适当追施氮肥，但量不宜过大，尽量选择复合肥。
对发生小叶病的枝条，在冬季修剪时不要短截，待枝条恢复正常后，再按常规修剪进行。也可在早春树体未发芽之前在主干、主枝上喷施0.3%硫酸锌加0.3%尿素液；对前一年黄叶病发生较重的果树，同样在树体未发芽前对主干、主枝喷0.3%～0.5%硫酸亚铁加0.3%尿素液。
在生长季节，根据果树发生生理病害的原因，叶面喷施0.1%～0.2%硫酸亚铁溶液加0.5%尿素液或0.2%硫酸锌溶液加0.5%尿素液，喷施时，喷头要多从叶背面喷。
也可在苹果树展叶后，如果发现有小叶病，结合其他病虫的防治，喷施70%丙森锌可湿性粉剂600～800倍液，对小叶病有一定防治效果。在果实套袋前，连喷2～3次液体钙肥，脱袋后也可再喷1次液体钙肥，防治苦痘病效果较好。喷施时喷头要对准果实才有利于果实对钙的吸收。
对黄叶病较为严重的苹果树也可用埋瓶法予以防治。具体方法是：在5月中下旬，将0.1%的硫酸亚铁溶液灌入聚酯瓶中，每瓶容量约500毫升，于距树干1米外刨出黄化树的根系，将其插入瓶中，然后用塑料膜封口后埋土，每株树周围埋瓶3～4个，5天后取出空瓶，7～10天后黄叶可基本复绿。这个方法主要是针对5年生以上的成龄树。
