现在微生物肥料品种比较多，生产的厂家也比较多，很多老百姓在选择时也很困惑，往往看到哪家企业做得广告多、做得广告大，就选择哪家的。
农业部微生物肥料和食用菌菌种质检中心主任李俊介绍，农民选择微生物肥料肥料时，可以从4方面鉴别：
一是看产品有没有登记证号。登记证是农业部颁发的唯一的市场准入证，相当于人的身份证。有登记证号的产品，质量相对有保障。
二是看标签标示和使用说明。如果使用说明比较规范，操作性比较强，说明企业技术水平比较高。
三是看批号和有效期，或者是可追溯的条形码。
四是看使用后的效果评价。比如，某个产品在某一地区有一定应用，了解一下该产品有没有负面的反馈，如果没有，说明该产品质量就有一定的保障。
目前市场上，各种微生物肥料价格差距比较大，很多农民往往认为便宜的质量不好，价值高的效果就好。李俊指出，微生物肥料的效果与价格高低没有直接联系，不能简单地将价格与肥效划上等号。“微生物肥料价格的高低，与生产的难易程度和所用材料有关。 ”李俊说。有些菌肥生产工艺相对容易，所用材料可以就地取材，因此耕种帮建议生产成本就相对低，销售价格就低一些。有些产品材料比较贵，生产成本高，销售价格自然也高。
“微生物都有一定的适应性，不是所以菌都能打遍天下。老百姓在选择是肥料时应该针对不同地区、不同作物、土壤类型要合理选择不同类型的微生物菌肥。
