微生物肥料是指特定微生物菌种培养生产具有活性的微生物制剂。它无毒无害，不污染环境，通过特定微生物的生命活动，增加植物的营养或产生植物生长激素，促进植物生长。
根据微生物肥料对改善植物营养元素的不同，可分成五类：
①根瘤菌肥料：能把豆科植物根上形成根瘤，可同化空气中的氮气，改善豆科植物的氮素营养。有花生、大豆、绿豆等根瘤菌剂。
②固氮菌肥料：能在土壤中和很多作物根际固定空气中的氮气，为植物提供氮素营养；又能分泌激素刺激植物生长，有自生固氮菌，联合固氮菌等。
③磷细菌肥料：能把土壤中难溶性磷转化为作物可以利用的有效磷，改善作物磷素营养。有磷细菌、解磷真菌、菌根菌等。
④硅酸盐细菌肥料：能对上壤中云母、长石等含钾的铝硅酸盐及磷灰石进行分解，释放出钾、磷与其他灰分元素，改善作物的营养条件。有硅酸盐细菌、其他解钾微生物等。
⑤复合菌肥料：含有两种以上的有益微生物（固氮菌、磷细菌、硅酸盐细菌）和其他一些细菌，它们之间互不拮抗，并能提高作物一种或几种营养元素的供应水平，且含有生理活性物质。
施用微生物肥料，就是通过人工接种方法，把微生物肥料中大量有益微生物加入到农作物根际和土壤中。通过它们的活动来提高土壤肥力，刺激作物生长和抑制有害微生物的活动。因此耕种帮建议微生物肥料中有效活菌的数量是微生物肥料质量的重要标准之一，必须符合农业部质量标准。
目前在我国蔬菜上应用的微生物肥料种类繁多，效果各异。如EM菌、益恩木微生物复合菌剂、菌根等。可作基肥、追肥或拌种。由于微生物肥料对施用技术、环境条件要求很严格，故效果很不稳定。使用时应严格按使用说明的要求操作。但从保护生态环境，发展无公害蔬菜的长远观点出发，微生物肥料对减少蔬菜硝酸盐含量，改善品质均有明显效果。因此耕种帮建议研制和应用微生物肥料前景广阔，要积极推广应用。
