前面介绍了土壤的基本物理化学性状。由于不同成土因素的影响，不同的土壤具有不同的理化性状和特征。各类型的土壤相应地具有其微生物区系的特征。但是值得指出的是，在同一土壤中存在许多不同的微环境。这些微环境对生物的生存和发展具有明显影响。极少量的土壤或一段根面都有很多微环境。这些微环境并不完全相同或很不相同。一个微环境适合某些微生物生活，不一定适合另一类微生物生活。正因为土壤中有众多的微环境，构成了许多不同的生态窝，对环境条件不同要求的各种微生物类群也就可以在同一土壤实体的不同微环境中生活。例如，在同一土体内，由于空气、水分、有机质和一些氧化还原物质分布的不均匀，各个微环境的通气状况、水分状况、营养状况均存在着差异，因此好养性细菌、厌氧性细菌、兼性厌氧细菌、微嗜氧细菌；异养型和自养型微生物；贫营养性和富营养型微生物都可以生活在同一土壤实体内。图显示了土壤中的微环境。
对土壤中微环境的观察，一般采用扫描电镜或采用荧光抗体技术，借助荧光显微镜可观察到土壤表面的微生物。那些微生物最繁盛最活跃的微区也就是最适合微生物繁殖的微环境。
