生态果园土壤消毒主要依靠热力技术，如土壤暴晒、施肥发酵等。土壤暴晒技术是“在已经准备好种植作物的潮湿土壤上（一般要求含水量在60%~70%），于炎热的季节（夏季）用塑料薄膜覆盖土壤4周以上，以提高土壤温度，杀死或减少土壤中有害生物”的一项技术。它的主要原理是应用经热灭菌的作用，杀死土中有害生物。
土壤暴晒可引起土壤理化性质变化及起到防治土传有害生物的作用，比如，暴晒后土壤中的铵态氮、硝态氮、镁离子、钙离子浓度增加，土壤导电性增加，土壤结构改善，团里结构增加；土壤中的芽孢杆菌、荧光杆菌、青霉菌、曲霉菌、木霉菌等有益微生物的种群数量增加，而土传有害生物种群数量降低。发病率减少，如线虫的螺旋属等的种群数量减少，发病率降低。该技术的重点是塑料薄膜的覆盖，可在种植前用塑料薄膜将地面完全平铺覆盖，也可以栽植后对果树树干周围的土壤覆盖加温消毒。
在气温比较高的地区（如***带）应用单层膜（膜厚度60~80毫米）覆盖土壤足以消灭土壤有害生物。在暖温带地区，需要使用双层膜覆盖，覆盖后可以提高温度3~10℃。田间用黑色膜覆盖，同时结合热水处理（10~20厘米的土壤中，灌进15~20℃的水温），能使土壤温度提高56~60℃，可进一步提高消毒效果。在薄膜下的土壤施上未腐熟的有机肥，靠有机物的腐熟发酵进一步增温，或薄膜下的土壤中埋设电热线，通过电加热进一步增温，或使用能吸收红外线的热塑料膜，土壤覆膜结合土壤施入高效低温杀菌杀虫剂，均可进一步提高消毒效果。但使用土壤暴晒加温消毒技术对气候条件有一定的要求，夏季气温比较低的地方不太适宜；由于该技术要求土壤湿润，需要增加额外的灌溉水，在缺水的旱作区也有局限性。
深翻换土等方式也能起到土壤消毒的作用。深翻换土，即在定植穴内进行深翻，把定植穴内0.5立方米的土壤挖起移走，换好土填入定植穴，然后栽植果树。
土壤消毒之后微生物总量会减少，所以，土壤消毒之后，在增施有机肥的同时必须配合增加有益微生物，这样一方面可以对抗病原菌，另一方面可以促进土壤有机物分解，增加土壤“活力”。土壤增施有机肥之后，除了有益微生物大量繁殖之外，病原菌及病虫害也会存在和增殖，这不仅造成作物的病害，同时也会招来飞虫与蚊蝇。因此耕种帮建议在土壤施加有机物的同时，必须配合添加有益微生物以对抗病原菌，使有益微生物占上风，其中有些有益微生物会围绕在根表面周围，成为“根圈菌”。“根圈菌”能够分泌出各种有机物，如氨基酸、低分子糖类、低分子核酸、生长激素及各种酵素等等，这些有机物对植物生长发育和提高作物产量和质量有显著的效果。有些有益微生物会侵入根部组织内，在根部细胞内繁殖，成为“菌根菌”。“菌根菌”不会破坏根部组织，却能与根细胞交换物质，共存共荣，提高根部活力，增强根系吸收力和自然抗病力。
土壤有益微生物主要有固氮菌群、硝酸菌群、溶磷菌群、酵母菌群、乳酸菌群、光合菌群、放线菌群和生长菌群。VAM真菌（泡囊丛状菌根真菌）是一种可与果树发生有益共生的内生菌根真菌，施用VAM真菌是给土壤增加有益微生物的有效技术。重茬地果树栽植时，在果树根际直接接种VAM真菌，可减轻果树再植病的发生，促进果树的生长和结果。也可在果树栽植前，先种植豆科植物如小冠花、三叶草和苜蓿，这些豆科作物是VAM真菌的寄主，种植这些作物，可以促进土壤内VAM真菌的发生、发育和大量繁殖；同时还可固定氮素，增加土壤肥力，果树定植后不易发生土壤病害。特别是在土壤消毒的基础上再接种VAM真菌，效果更好。
