因地制宜原则
植物是生命体，每种植物都是历史发展的产物，是进化的结果，它在长期的系统发育中形成了各自适应环境的特性，这种特性是难以动摇地。建设生态果园要遵循这一客观规律，在最适宜的地方建设最适宜的果园、栽种最合适的树种或品种，合理选配果树与间作物种类，避免种间竞争，避免种群不适应本地土壤和气候条件，借鉴本地自然环境下的种类组成和结构规律安排果园生物种类，根据各地的具体情况来选用适当生态技术及确定本地区的生态工程模式，从而建设最适宜当地实际的生态果园，取得最大的综合效益。
生物多样性原则
生态群落内生物种类越多、数量越庞大，种群依附关系越复杂，种群就越稳定。生态果园树冠下富集了多种多样的植物、昆虫和微生物，形成了多样性的生物种类，并依其在生物链中的作用（生产者、消费者和分解者）维系着系统内物质与能量的代谢，形成了彼此共生和互生的长期依赖关系，构成了稳定的生态群落。在果园，植物、藻类和光合细菌是第一生产者，种类和数量越多，对光能的利用率越高，相当于向果园输入的能量越多，它们的增加会带动消费者和分解者的增加，最终向土壤输入的物质和能量也会增加。
按照生态学“种类多样导致群落稳定性”原则，要使生态果园稳定、协调发展，就必须充实果园的生物多样性。其中，物种多样性是群落多样性的基础，它能增强群落的抗逆性和韧性，有利于保持群落的稳定，避免有害微生物的入侵。为维持生物多样性，在构建完整生物链的前提下,必须重视果园动物（包括各种昆虫、蚯蚓和线虫）和微生物的作用，在选择优良果树和品种前提下，积极引入其他植物和各类小动物微生物，实行果园生草成长期免耕栽培，使果园生物丰富。
物种平衡原则
果品的输出依赖于果园生态群落流向土壤的物质和能量及果树本身同化积累的物质和能量，物质和能量输入与输出的平衡是维持果园持续性生产的基础。在常规生产中，向土壤的输入主要依赖生态群落。同时，在生态系统发育过程中，生态群落向趋于稳定性（饱和性）发展，这使得系统本身物质和能量流动具有稳定性的特点，因此耕种帮建议生态型果园不应无限追求单位产量，而应维持相对应的果品输出。
资源多级利用与资源循环再生原则
物质和能量在系统内流动，资源多级利用，上一级废料为下一级的资源，整个系统内资源能够循环再生，比如，果园间作牧草——牧草养殖畜禽——动植物残体与排泄物进入沼气池——经沼气发酵形成肥料还田用于果树和间作物的生长。
资源要素经济利用原则
生态果园要求保证系统内光、热、水、气、土和养分等资源要素的经济利用，比如，为提高光能利用效率，需要树上枝叶层与树下植被层截留，而且枝叶截留与植被被截留比例要与果实物质成分的构成比例及维持[`光输入与地下部物质输入的比例相适宜。果树生长发育需要适宜的生态环境，应当通过设置防护林、增加植被覆盖率、保障水分的正常输入等来满足果树的生态需要。水是许多地区果树生产的限制因子，为实现水分的经济利用，应进行果园地面覆盖(如覆草)以控制水分蒸发，同时限制地上部分水分输出（如通过控制枝、叶、果的数量减少水分蒸腾散失），或根据根冠通讯理论与轻度胁迫原理，在果园实行调亏灌溉或隔行交替灌溉，以及采用滴灌、喷灌、渗灌方式进行定量化补水。果园地面覆盖有多重效用，如覆盖的植被残体可转化为土壤有机质。此外，为提高土壤利用效率，还需要加强果园水土保持和实行果园间作。
生物的生态位原则
每一种生物在多维空间都有其理想的生态位，而每一种环境因素都给生物提供了现实生态位。理想生态位与现实生态位之间往往存在差异，这种差异一方面促使生物去寻求、占领和竞争良好的生态位，另一方面也迫使生物不断地适应环境，调节自己的现实生态位。在自然生态系统中，随着演替系列向顶级群落的发展，其生态位数目逐渐增加，从而构成了复杂稳定的生态系统。而在半人工或人工生态系统中，由于人们追求某种单一经济目标而使物种出现单一化，从而产生了较多的空白生态位，这不利于生态平衡，不利于发挥资源的最佳效益。
生产性果园本身是一个人工生态系统，在果园建立初期果树未成林，大部分土地裸露，易发生水土流失，还易使经济价值不高或有害的杂草生长；如果在裸露土地上种植大豆、花生、生姜等经济作物，将能够填充果园空白生态位，这不仅可以充分利用土地资源，提高光能利用率，防治水土流失，改善生态环境，还可增加经济效益。在生态果园建设过程中，要充分运用生态位的原理，同时也要防止生态位的重叠。
经济效益、生态效益、社会效益相统一的原则
追求经济效益、生态效益和社会效益三者综合效益的最大化是建设生态果园的重要目的。在这三种效益中，生态效益是发展的基础，生态效益和社会效益直接影响到经济效益，实际上，生态效益是长远的经济效益，社会效益就是广泛的经济效益，要获得最优的综合效益，就必须保证经济效益、生态效益和社会效益三者之间相协调、相统一。
因此耕种帮建议在建设生态果园的过程中，必须合理利用和优化配置水、土、温、光和生物资源，必须扩大绿色植被以保持和改善生态环境，还要统筹发展种养加、产供销等，使劳动力资源得到充分利用。同时，努力提高农产品的商品率和提供无污染、安全、优质营养的生态食品，使经济效益、生态效益和社会效益有机结合同步提高。
