最近几年来果农都重视有机肥的施用，但农村的牛、猪、羊、鸡、兔几乎看不到。大部分果农都在施用商品有机菌肥，施用后效果不明显。加大投资增加施肥量，效果没有明显变化，反而有下降趋势。这是怎么回事？原来土壤菌肥各自有各自的习性特点。
一、土壤有酸碱之分，即pH值。有机菌肥也有pH值，菌又有真菌、细菌之分。中性和微酸性土壤宜施细菌性有机菌肥。碱性土壤宜施丝状微生物的藻类有机菌肥，施用后能固定空气中的氮，帮助果树利用其它状态存在的氮素养分。其实土壤中微生物也很多，数量也很大，大部分微生物对作物的生长发育、土壤的团粒结构、物质循环都有很大影响。还能分解有机质和矿物质，释放出的营养元素供作物吸收利用。酸性土壤施了碱性有机菌肥，酸碱中和降低了肥效，也使菌种受到伤害。有些菌是需氧性很强的菌种，如放线菌、霉菌类等施在土壤板结透气性差的土壤中，别说发酵繁殖，菌种本身都难以成活。
二、土壤理化性状恶化，有机菌肥无法发挥作用。菌肥中的菌赖以生存的条件是有机质。而80%以上的果园都在施用无机化肥使土壤板结透气性差。使得一些厌气菌大量繁殖，如镰刀菌、齐整小核菌引起的苹果、桃等果树圆斑根腐病、白绢病（茎基腐病）。更严重的是有机肥极度缺乏，破坏了土壤的团粒结构，降低了土壤的保肥保水能力。果农施商品有机菌肥一般都在1.5—4公斤/株，有机质很快被分解利用，有机肥中的菌种失去赖以生存的条件不能繁衍生存，大部分死亡。这就是果农在施用商品有机菌肥中发现的地厚施有机菌肥有作用而地薄无作用的道理。
