（1）土壤改良：最好的办法是进行客土栽培，将果园内原有土壤挖掉50～60厘米厚的一层，再用没有种过苹果的园外土壤将地填平，然后再植苹果树，可有效的防止再植病的发生。但这一措施较费工，不太现实，生产中应用的范围有限。生产中应用较广泛的方法是土壤深翻并消毒，方法是将定植穴或定植沟内的土壤挖出，捡拾净土壤中的残根，把土散开，进行暴晒，利用夏季高温，杀灭病菌，在秋季回填，回填时对土壤用40%甲醛100倍液对定植穴喷雾消毒，每穴可喷雾10公斤药液，整行回填结束后，及时用地膜将栽植行覆盖，以杀死土壤中的病菌。也可用氰氨化钙进行消毒，每亩用30～60公斤的氰氨化钙均匀的撒施在地表，然后深翻，使氰氨化钙与土壤混合均匀，再浇水，覆盖地膜，杀灭病菌。由于氰氨化钙遇水分解后生成气态的单氰氨和液态的双氰氨都对土壤中的真菌、细菌等有害生物具有广泛性的杀灭作用，可防治多种土传病害及地下害虫，并对根结线虫有一定的防治效果。还可用广谱性消毒剂氯化苦、溴甲苯等杀菌消毒。一般用氯化苦杀菌时，每立方土壤施入22.5克，用溴甲苯杀菌时，每立方土壤施入100克，可杀死土壤中的线虫、真菌、细菌等有害生物。每棵树在定植时穴部施入50克左右。也可采用溴甲烷和氯化苦混合物进行消毒，一般在每平方米土壤内搅拌加入50克70%溴甲烷和22.15克氯化苦的混合物，也可单独在每平方米土壤中施入100克溴甲烷进行防治。线虫危害严重的果园，可用有克线灵、米尔乐等药剂杀灭。在开沟或挖穴时施入，一般每亩施用克线灵2.5～3公斤、米尔乐4～6公斤可通过胃毒、熏杀杀死根节线虫等。也可用熏蒸剂如二氯乙烯、二氯丙烯来熏蒸土壤（施人后用地膜覆盖）杀死线虫。
（2）轮作：在老果园挖除后，最好不要急于重新栽树，应种植3～5年粮食作物或绿肥，以培肥地力，有效的增加土壤中的有益微生物，通过耕作，改良土壤理化性状，也可种植需水较多的农作物，通过增加灌水，加速有害物质的淋溶，促进土壤改良，然后再栽树。
（3）增施有机肥：大量施用有机肥，可显著提高土壤有机质含量，有机质经微生物作用可转化成腐殖质。土壤腐殖质对土壤理化性状和果树生长状况的影响是多方面的。主要表现在：
A、腐殖质可促进土壤团粒结构的形成，改善土壤理化性状，增加土壤孔隙度，改善通气透水、保肥性能，提高土壤含氧量，调节土壤中水气比例，增加土壤中微生物数量，促进微生物活动，从而显著提高土壤肥力。
B、腐殖质能不断分角释放二氧化碳和氮、磷、钾、铜、镁、硫、硼、铁、锌等矿质元素，不断满足果树光合作用及其各种生理活动对二氧化碳和矿物质的需求。
C、腐殖质在土壤中呈有机胶体状态存在，它带有大量负电荷，能大量的吸附土壤溶液中的阳离子。若土壤中存有较多腐殖质，可显著提高土壤保肥能力，减少肥料流失。
D、腐殖质在土壤溶液中具有较大的缓冲性能，能调节土壤溶液的PH值，特别是在盐碱性土壤中，增施有机肥是改良土壤，促进果树生长发育，提高抗性的有效途径之一。
在老果园旧址上新栽苹果树时，要施足有机肥，以补充土壤中营养元素，增加土壤有机质含量，促进土壤拮抗菌的繁殖，以优化土壤结构，为苹果树的生长创造良好的条件。
（4）对新栽苗木进行消毒处理：栽前用波美3～5度石硫合剂或50%的多菌灵500倍液浸根消毒10～20秒钟，然后用清水冲洗根部，再栽植，有利提高成活率。如苗木量少，可用0.1%汞液浸泡20秒，也可用等量式波尔多液浸10～20秒，再用清水冲洗根部后栽植。
（5）施用VAM真菌：VAM真菌是一种与果树共生性泡丛状菌根真菌。该真菌能够扩大果树根系的吸收面，帮助果树吸收不易被告吸收的营养元素和水分，修复退化和污染的土壤，提高土壤质量。此外VAM真菌还可固定氮素，增加土壤肥力，施入后，可促进果树生长和结果。接种VAM真菌最好在土壤消毒的基础上进行，效果更加显著。
（6）选用抗性苗木及无病毒苗木：苹果砧木不同，对重茬病的抵抗能力是不一样的，选用抗性强的果树苗木，可以很好的防重茬病；无病毒苗木生长旺盛，抗病力强，重茬地上栽无毒苗可以在一定程度上克服由重茬病造成的幼树生长不良现象。
（7）清园：绝大多数非专业性寄生的真菌和细菌，都能在染病寄主的枯枝、落叶、落果和残根等植物残体中存活，或者以腐生的方式存活一定时期，果树病残体是果树发病和病害流行的重要初侵染源和再侵染源。老果园更新或苗木出圃后，应尽量消除果树或果苗的残根、落叶和果园周围的杂草，并进行集中烧毁或深埋。
经三年观察，凡以上措施应用较到位的农户，所建新园园貌树相对较整齐，树体生长旺盛，而应用不到位的死树缺株现象严重。特别是轮作作用明显，凡轮作三年以上的地块新栽苹果树的基本没有死树缺株现象，随挖随栽的园块，死树率最高的达87%。另外有机肥的施用量直接决定新梢生长量，凡有机肥亩施用量在3000公斤以上的园块，平均年新梢生长量在70厘米以上，而有机肥施用量少或没有施用有机肥的园块，新梢生长量有的不足20厘米。因而在苹果生产中，如要进行更新建园，在老树挖除后，进行间作和增施有机肥是很有必要的，应作为重点环节，全力抓好，以保证新栽树健壮生长，为早果、丰产打好基础。
