生态果园果、牧、草复合经营模式形成后，每年向果园输入大宗优质粪肥。这些粪肥不能直接施给果树，需要通过分解还原链对其进行再利用或无公害化处理。
沼气的发酵和利用 沼气发酵是在厌氧条件下，利用微生物将人畜粪便、秸秆等生物质能经液化、酸性发酵、甲烷发酵三过程。农业和生活废弃物，如杂草、秸秆、粪便等在沼气池经过厌氧发酵后，产生沼气，可变废弃物为能源，解决农村因能源短缺而破坏生态的问题；同时，通过沼气发酵可使废弃物无害化，并把粪便中大部分的寄生虫杀死，改善农村卫生条件；而且沼渣可用来培养食用菌、蚯蚓、蝇蛆，也可返还果园用于培肥育果。沼液是优质无公害肥料，返还果园后可改土、培肥、育果；有鱼池的生态乐园，沼液还可排入鱼池，加速水体浮游生物繁殖，为鱼类提供优质蛋白饲料。
沼气的发酵和利用是生态果园能量转换、物质循环和有机废弃物综合溧阳综合利用的中心环节，也是联系初级生产者、初级消费者和分解者。它对生态果园的能源建设、肥料建设、净化环境和保护果农健康具有重大意义，各生态果园可根据规模大小，在园区内建造容积适中的沼气池，一般为10立方米。南方地区由于气温高，产气量大，容积可稍小一些。北方地区冬季寒冷，最好建造一座集种植、养殖、厕所、沼气池于一体的塑料大棚日光温室，并将沼气池全部埋入畜圈地下，以解决北方沼气池因冬季气温低而不产气的难题。沼气池类型很多，最常见的有土圆仓型沼气池、三合一沼气池和水压式沼气池。
废弃物的酵解和无公害处理 生态果园内产出的人畜粪便、植物秸秆和其他有机废弃物通过堆积酵解，使其在细菌、真菌、放线菌等微生物的作用下发酵、腐熟、分解、还原，并杀灭虫卵等有害生物，实现粪便的无害化处理。利用蝇蛆、蚯蚓等低等动物分别处理粪便、菜叶、瓜皮、垃圾等物质，也可达到粪便处理的目的。食用菌大多以植物残体中有机碳水化合物为碳素营养，许多农业废弃物都可以作为食用菌生产的原料，如果树枝、叶、杂草等；食用菌的正常生长不仅要求有一定的碳源，同时要求有一定的氮素，而禽粪是良好的氮源。通过食用菌生产，能够把这些废弃物充分利用。
