我国土壤微生物学研究开始于30年代末.由张宪武、陈华癸和樊庆笙等几位学者将国外的新知识介绍进来，进行启蒙和培养人才，他们可以称得上是我国土壤微生物学的创始人。但是，在中华人民共和国进行之前进行的研究工作是零星的。解放后，许多研究单位设立了土壤微生物学研究机构。农业院校也建立教学和科研组织，开设土壤微生物学课程。我国科学工作者重视研究成的应用和推广，于 1950年开始了根瘤菌肥料的大面积应用，并获得了良好效果。在这方面胡济生起了积极推动的作用。
中国土壤学会和中国微生物学会于1964年在武汉联合召开了一次全国土壤微生物学专业会议，交流了我国土壤微生物学研究的成果，介绍这一学科领域的发展概况。由于党和政府的正确领导和研究者们的努力，在新中国诞生后短短的的15年内我国的土壤微生物学研究基本上从无到有，在许多方面都开展起来，在有些方面己接近或达到了当时的国际发展水平，可是从1966年起农业院校的研究和教学停顿了，只有个别研完单位的少数人在艰难地进着一些小规模的研究。直到70年代中、后期某些究工作才陆续有所恢复。
近十余年来，我国土壤微生物学研究在生物固氮方面有较大的发展，根瘤菌的应用有所发展，基础研究比过去有所加强，菌根的研究发展发展较快。环境微生物学在我国虽然历史不长，但发展迅速，一些大学建立了环境科学系或相关专业，环境微生物学是重要的教学和研究内容。但是总的来看我国土壤和环境微生物学的现状同国际水平相比差距很大，同我国其它学科领域比较显得薄弱。时代要求我们急起直追。
