（一）微生物在植物营养中的作用
固氮微生物能固定空中氮气，丰富土壤氮素养料和供给植物利用；许多有机营养型与无机营养型微生物能分解转变多种养料物质，产生植物可利用的有效养分，有时则发生有效养分的生物固定或引起养分损失。
据研究，植物根和根毛接触的土粒十分有限，一般仅占土壤总粒的百分之一、二、三，最多不过百分之五。这便大大影响了植物的吸收能力和土壤养分的供应。而生活在根周围密集的细菌群和自根面伸向土壤众多的真菌及放线菌菌丝则有很大的表面积，接触构土粒甚为广泛，它们能吸收远根部的土壤养分，通过细胞间的传递和菌丝输送，转运至根部，供植物吸收利用。
（二）微生物的促进作用
植物是自养型生物，在正常情况下，它能合成本身需要的各种生长刺激物质，但却不是在任何条件下，所合成的种类与数量都能满足生长需要。因之，当充分供给这些物质时，植物的生长、发育就旺盛，产量高、品质好。如有些常不施有机肥的干旱沙性土壤，即是矿质养料供应充足，作物仍生长不良，产量不高；而施用有机肥后，则大有改变。其原因即在于，有机物质腐解过程中，微生物合成和供给了植物需要的生长刺激物质——即所谓植物有机养料。试验证明，这些物质不仅能从微生物细胞分泌出来，或是细胞自解后释放出来，而且也能被根吸收到植物体内。
