慈姑整个生育期间肥料的施用，应遵循促、控、促的原则，并且必须重视氮、磷、钾的配合施用。据试验，晚熟栽培慈姑，施磷肥50千克的田块比不施磷肥的田块增产15%，且球茎显着增大。慈姑对钾肥反应良好。施钾肥后不仅产量显着增加，而且质量提高，球茎大，皮青色带紫，无锈斑，无苦味，耐贮藏。据苏州市蔬菜研究所试验，在厩肥基础上增放15千克氯化钾，可增产20%~25%。
在一般肥力土壤中以每亩施13千克氯化钾为宜，钾肥要早施，并应与氮、磷相配合。早水慈姑一般在定植后10~14天，即成活后开始追肥，以促进植株生长，每亩施入20%左右的腐熟人畜粪水1500千克或碳酸氢铵30千克加尿素10千克，均匀施入，施后耘田与土壤均匀混合。到天气转凉，植株抽生匍匐枝时，应追施1次较重的肥料，以促进结球。此时新叶仍在生长，同化作用较强，植株吸肥量大，一般每亩施入腐熟的人粪尿2500千克或尿素30千克，另施草木灰100千克，对球茎膨大有良好效果。晚水慈姑由于生长期短，通常只进行1次追肥，多在定植后25~30天进行，数量与早水慈姑的结球肥相似。
套种在茭白等作物行间的慈姑，在茭白收获后，也要注意施肥，防止植株生长脱力。
