在双孢菇生产中，由于菇房环境条件和培养料的不适以及管理措施不当，会影响菌丝和子实体的正常生长发育，进而影响了产量和品质。
1、播种后菌丝不萌发、不吃料。播种后菌丝生长不良，菌种不萌发、不吃料，只在料面生长并出现萎缩现象。这是由于菇房内的温度、通风情况及湿度不当等原因造成的。若培养料表面偏干，可及时喷过磷酸钙或磷酸二氢钾水溶液；如料过湿，则要加强菇房通风；当菇房内气温较高时要采取降温措施，使其达到适宜的温度范围：当菇房内有氨臭味时，要及时加大通风量，在培养料面戳洞，排除氨气。
2、覆土后菌丝体徒长。播种后营养生长过旺，绒毛状菌丝生长致密，覆土后常冒出土面，形成一种浓密的不透水、不透气的"菌被"层。主要是由于高温、高湿环境导致菌丝体徒长。防止菌丝"结被"的措施是当菌丝长出覆土层时，加强菇房内通风，降低菇房内温度、空气湿度，并及时喷"结菇水"，以利原基的形成。喷水不要太急，要在早晚凉爽时喷水。一旦发现菌丝徒长，要及时用小刀或竹片挑掉菌被。
3、覆土层菌丝退化。覆土后3-5天菌丝不上土，呈灰白色，细弱无力，严重者料面见不到菌丝，甚至料面发黑，这是菌丝萎缩所致。原因是覆土后喷水过多过急，造成缺氧而致使菌丝窒息萎缩。应立即停止喷水，加强通风，降低培养料湿度，以利于菌丝恢复爬土。
4、薄皮菇。子实体在生长过程中，因温度偏高，子实体生长速度快，加上出菇密度过大，营养供应不上，容易出现薄皮菇，其产量低，质量差。为避免发生这种现象，应在喷水期间加强通风，适当增加培养料和土层的厚度，加强出菇期间水分和温度的管理。
5、空心菇。空心菇主要是由于出菇期间水分管理不当造成的。在出菇期间，菇房温度高，湿度过低，菇体水分蒸发快，迅速生长的子实体得不到水分补充，就会在菇柄产生白色疏松的髓部，甚至在菌柄中产生空心；有时也会因气温低，子实体生长缓慢，在床面因停留时间过长而形成空心菇。为防止出现空心菇，应在双孢菇盛产期间，加强肥水管理，及时喷水，并适当进行间歇喷重水，以免土层过干，使快速生长的子实体得到充足的水分，同时也要注意温度的调控。
6、硬开伞。当气温变化幅度大，昼夜温差达10℃以上，加之菇房内空气湿度小和通风过多时，易使正在生长未成熟的子实体开伞或出现龟裂。为防止幼菇提早裂开，当外界气温下降时，菇房要保持温湿度稳定，调整土层温度和空气湿度平衡，并撬松土层，断裂土层老菌丝，促使萌发新菌丝，使床面持有适当的含水量，便可防止硬开伞。
7、锈斑菇。子实体出土后，菌盖表面产生褐色铁锈斑，虽未长入菌内，但降低了双孢菇的品质。原因是喷水后未及时通风。由于空气湿度过大，菇表面水分蒸发慢，上面出现小水滴，时间一长，形成褐色铁锈斑点。菇房应保持空气清新，喷水后应及时通风排湿。
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