超甜玉米因种子淀粉含量少，籽粒皱缩、凹陷、干瘪、粒重低而导致萌发力低，顶土力差，苗势弱；加之籽粒和幼苗鲜甜可口，易遭鼠虫危害，所以缺苗断垄时有发生。
苗齐、苗壮、无断垄是超甜玉米获和丰产的前提；而肥土、良种、精细管理是确保全苗的关键。我们根据多年的生产实践经验，总结出以下超甜玉米缺苗断垄的主要原因及对策。
一、缺苗断垄发生的原因
1、种子本身的原因目前生产上应用的主要有sh2和bt1两种基因类型的超甜玉米。在玉米基因库中，由隐性单基因sh2和bt1控制的胚乳突变体均属淀粉缺陷型，在sh2或bt1基因纯合状态下，可使淀粉合成酶的活性丧失，控制了糖类向淀粉转化，导致籽粒含糖量升高，淀粉含量显著下降，粒重极低。由于高糖引起高渗，种子不易脱水干燥，因此成熟种子易遭受冻害，脱水慢也易使种子感染串珠镰刀菌，被感染种子出苗率极大降低。另外，胚乳皱缩使得果皮与胚乳之间有气泡，使种子在加工、运输过程中容易受损，大大降低了发芽率。因此发芽率和出苗率低以及苗期生长缓慢是超甜玉米本身固有属性。此外使用陈旧种子，发育不良的种子或未经精选加工的种子更易促使缺苗断垄的发生。
2、栽培环境不适
①土壤环境：土壤过粘、过沙、过酸、过碱、过干、过湿和肥力过低等均不利超甜玉米发芽和出苗。
②气候环境：昼夜温差不大，病虫害较多，气候过湿，光照不足，湿度过高、过低等都不利于其生长。
③栽培技术不当：田块不平整，土块过大压苗，播种覆土过深、过浅，土壤过渍、过干，未及时排灌，施肥不当，未及时防治鼠虫害等也是超甜玉米缺苗断垄的主要原因之一。
二、主要应对措施
1、选育和选用良种种子出苗率低，苗期生长势弱是制约超甜玉米发展的主要问题。虽然超甜玉米胚乳缺失，淀粉减少，粒重减轻，但许多研究表明，即使是同一胚乳突变基因，在不同的核背景中，种子发芽率和苗期生长势都存在显著差异。这些结果说明，不同的核背景，通过修饰基因，或者是微效多基因，对胚乳突变基因的效应起一定的修饰作用。因此通过适宜的选择，可以积累这些有益的修饰基因或微效多基因，从而削弱胚乳突变基因的不良效应，提高种子发芽率和苗期生长势。选用粒大、粒重高、发育完全良好、经过精选加工的合格种子。
2、种子准备播前要进行种子处理，目的是提高种子发芽率，防止播后病虫危害，促进苗期正常生长，常用的方法有晒种、药剂拌种、发芽试验(要求发芽率大于80%)等。
3、土地准备选择地势平坦，排灌方便，土壤肥沃的砂壤土为佳。精细整地，使土壤细碎平整，上虚下实。结合整地施足基肥，基肥以腐熟农家肥为主，复合肥和磷肥为辅，用量一般为每亩施农家肥1000-1500 公斤、复合肥10-15 公斤、过磷酸钙5公斤，施用方法有沟施、穴施、撒施等。
4、提高播种质量不同基因型的玉米之间应严格隔离400米以上，错期播种应相差25天以上。适期播种，选择10厘米地温稳定在10℃以上播种，播后一定要浇一次透水，覆土过厚不易出苗，覆土过簿、干湿不均，则出苗不匀。地下害虫多的田块每亩用3%米乐尔颗粒剂5公斤混细沙撒于种子周围，之后覆土3-5厘米。此后注意防止老鼠危害至5叶期。
5、育苗移栽采用育苗移栽，在小范围内防治鼠虫较为容易，也可缓解农时生产季节矛盾，并可节约种子。2-4叶适龄移栽，育苗移栽比直播费工费时，但易做到苗齐、苗全、苗壮。
6、加强苗期管理
①移苗补缺：定苗前做好补苗工作，直播的在多余苗处带土移栽补缺，并连日浇水至成活；育苗移栽的从育苗圃用余苗补缺。
②除草施肥：出苗前每亩可用72%2，4-D丁酯0.1 5-0.2 0 公斤、或50%阿特拉津约0.3公斤等除草剂喷土壤表面除草，人工除草亦可。苗期由母体营养生长转为靠吸收和制造营养生长发育，约3叶期应追一次壮苗肥，促幼苗生长，每亩用腐熟粪尿500公斤、尿素20公斤、钾肥3-5公斤混和穴施。
③防治鼠虫危害：播后及时检查，若有老鼠危害按常规防治；若有蛴螬、蝼蛄、地老虎及其它地下害虫危害，一般采用晨间扒开危害部位周围土块捉虫，或用敌百虫、乐斯本等药剂拌幼嫩碎菜叶于傍晚撒施于危害点周围诱杀，或夜间用手电照明喷杀虫剂于虫体上。
④疏苗定苗：为避免争水争肥，影响光合作用，3叶期对苗密集的田块及时进行疏苗；5叶期定苗，一般每穴留单苗。疏定苗的原则是“去弱苗、虫苗、杂苗，留强壮苗”。若地下害虫严重而又未能及时有效防治，定苗时间可适当推后。
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