一、重养轻防。一些地方因防疫不能直接产生效益，而注重发展忽视防疫。在他们看来防疫工作搞得再好，其成绩看不见摸不着，看得见的只是辛苦的工作，不如办几个养猪场养禽场摆在那里，或搞改良，让牛变花、猪变白、羊变黄什么的，或改良草山草坡，种植牧草等实在得多。殊不知，防疫不抓好， 再大的养殖场、再优良的品种，都会因疫病而遭受重创，甚至导致畜亡场垮。
二、重检轻免。免疫难、免疫费收取难，可谓是当前基层畜牧工作的难点所在。一方面免疫这项工作本身就很艰苦，面对千家万户；另一方面还有相当一部分畜主不愿接受免疫，更不愿交纳免疫费。而检疫则不同，一方面已为大多数经营者所接受，较之免疫工作好开展得多；另一方面可以收取现钱（检疫费）。因此，在一些地方出现了"检疫岗位争着抢，免疫岗位无人干"的现象，导致防、检脱节，更谈不上"以检促防"了。
三、重点轻面。由于防疫工作难度确实较大，一些地方一方面为了减轻工作压力和减少工作量，另一方面为了应付上级的检查，只突出场镇附近，交通沿线等重点区域，或者干脆只搞一两个"点"接受检查考核，而对大面积千家万户的防疫工作则淡然视之，听之任之。特别是动物防疫，由于疫源传播途径多，传染速度快，防疫就更应该是整体的，全面的。
四、重治轻防。被动的、"亡羊补牢"式的防疫在一些地方较为普遍。疫病发生后，治疗固然可以挽回一定的损失，也可以使疫病得到一定程度的控制。但较之于防疫，难度更高，损失更大。其一，疫病已经发生或者流行，必然要采取综合的控制措施，涉及的范围很宽，其难度和损失都会更大；其二，有的疫病本身就只可防不可治，防疫关未把住，一旦发病，死路一条。
五、重突击轻常规。目前，大部分地方都是采取春秋两季大面积普遍防疫与常年防疫相结合的方式开展动物防疫工作，但在一些地方除检疫工作是常年坚持开展外，其他的如免疫等项工作，往往是突击性的，春秋、秋季搞一下，平常则很少开展，以致常年免疫密度往往难以达到行业要求。
六、重单项轻综合。动物防疫内容很多，按照《动物防疫法》的规定，免疫、检疫、消毒、驱虫、无害化处理以及封锁、扑杀等均属动物防疫。而有些地方在日常工作中只注重免疫和检疫，对消毒、驱虫、无害化处理等有所忽略，常常出现免疫密度高、检疫率高而消毒面低、驱虫率低以及对病害动物及产品处理了，而被污染的用具和场地却无人过问等现象，乱丢乱弃病害动物及病死动物的现象也时有发生。动物防疫是一项综合性的系统工程，只有环环紧扣，环环抓住抓好，才能形成坚强的防疫体系，才能有效地控制动物疫病。
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