温棚栽培芹菜，常受斑枯病、叶斑病、菌核病和软腐病等病害的危害。如防治不力，会严重影响芹菜的生长发育，造成减产并降低品质。对芹菜病害应采取综合措施进行防治，主要抓好以下几点：
一、实行轮作。每2-3年轮茬一次，以减少病源积累。
二、搞好种子处理。用48℃的温水浸泡种子30分钟，可有效地杀死附着于种子上的斑枯病和叶斑病病菌，浸种时应不断搅动使之均匀受热，浸种后用清水淘洗，晾干后播种。如果种子里夹杂有菌核，可用10%的盐水漂除，随后用清水冲洗，以减少种子带菌。值得注意的是，温汤浸种对芹菜种子发芽率稍有影响，播种时用种量应增加10%-20%。
三、实行覆膜栽培。覆盖地膜有限制菌核病传播的作用，覆膜免耕还可减少植株损伤，从而减轻软腐病的侵染。
四、严格控制温湿度。高温高湿是芹菜病害发生的重要条件。温室芹菜在入冬后白天温度应控制在15-20℃，夜间控制在8℃，温度偏高时应及时放风，偏低时应增加覆盖物。浇水要适量，宜选在晴天上午进行。浇水后结合降温进行放风排湿，防止湿度过大。阴天或低温天气要避免浇水。土壤过湿时可撒干细土降低湿度。
五、合理施肥。施足农家肥，增施磷钾肥和硼肥，培育出健壮的植株体，提高抗病力。
六、适时实施药剂。如发现中心病株，应立即拔除，并随即全面施药防护，控制病情，防止蔓延。一般7-10天1次，连续用药2-3次。对斑枯病可选用75%百菌清可湿性粉剂600倍液、64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液、65%代森锌可湿性粉剂500倍液等喷防；对叶斑病可选用75%百菌清可湿性粉剂600倍液、50%多菌灵可湿性粉剂或50%甲基托布津可湿性粉剂500倍液喷防；对菌核可选用50%速克灵可湿性粉剂1500倍液或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液喷防；对软腐病，在拔除病株后撒石灰粉于病穴进行消毒，同时选72%农用硫酸链霉素4000倍液或20%络氨铜水剂400倍液全面喷防。
在冬春阴雨、冷湿条件下，于棚室施放烟剂防治病害，不增加湿度，效果优于喷雾法，且防治较为彻底。对斑枯病和叶枯病可选45%百菌清烟剂，每次每亩用药250克；防菌核病可选用10%速克灵烟剂，每次每亩用药250克。于傍晚将烟剂分点布放在温室过道上，由里向外逐一用暗火点燃，着烟后立即密闭过夜即可。一般7-10天1次，连续施放2-3次。
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