一、穴盘孔径大小。育苗盘因穴孔直径大小不同，穴孔数有18-800不等。育中、小型种苗，以128-288孔的穴盘较为经济。秋海棠、凤仙等盆栽花卉育苗，应选择穴孔直径较大的穴盘；而深根性的飞燕草和部分蔬菜作物，则宜选择穴孔较深的穴盘。非洲菊、仙客来等可先在小穴孔育苗盘中发芽，再移栽到大穴孔育苗盘育中壮苗。
二、穴孔的形状。主要有方形和圆形，方形穴孔所含基质一般要比圆形穴孔多30%左右，水分分布亦较均匀，小苗根系发育更加充分。
三、穴盘的制造材料。主要有聚苯乙烯聚苯泡膜。观赏植物育苗一般用聚苯乙烯盘，蔬菜育苗可用聚苯泡膜盘。
四、穴盘的颜色。穴盘的颜色会影响到育苗根部的温度。白色的聚苯泡膜盘反光性较好，多用于夏季和秋季提早育苗，以利反射光线，减少小苗根部热量积聚。而冬季和春季选择黑色育苗盘，因其吸光性好，对小苗根系发育有利。
五、穴盘的重复使用。穴盘在重复使用前应彻底清洗，并用四价铵盐等特制消毒剂处理，以防根腐病菌的滋生。对于高温下不易熔化的高密度聚苯泡膜盘，可考虑用蒸汽法消毒，但要彻底晾干后才能再使用。对于质地较薄的穴盘，重复使用次数不宜超过3次，以防破损而漏水、漏基质。
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