甘蔗杂交首先需要检查花穗中花粉的育性，花粉发育好的亲本一般作为父本，花粉发育差的亲本一般用作母本。杂交前母本还要去雄以避免自交；杂交时父本要放在母本的上方，父本的花粉易于飘落在母本的柱头上，使杂交易于成功；空气流动，甘蔗花粉易漂移，为了避免其他父本窜粉，杂交授粉前还需专门用密度大而透气的白布给“新郎”、“新娘”做一个新房；甘蔗杂交时间一般需要7天，为了提高受孕率，每天上午9～11时还需要人工抖动父本，以便于花粉飘落到母本柱头上，以提高杂交成功率。常用的杂交方法有：亚硫酸法和高压法两种。
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