嫁接是保护区黄瓜高产高效的首要保障。其原理：一是解决黄瓜连作引起的枯萎病死树问题；二是可以增强植物的抗寒能力；随着以黑子南瓜为砧木的嫁接黄瓜拟茎根腐病的发生以及市场对黄瓜品质要求的不断提高，以白南瓜为砧木嫁接黄瓜已成为必然趋势。在生产中，有的菜农在黄瓜嫁接后将南瓜根和黄瓜根同时留着。他们认为，两根共存吸收了足够的养分，更有利于黄瓜的生长。这种做法实际上背离了黄瓜嫁接栽培的目的。首先，嫁接后黄瓜根部不剪断或嫁接苗栽得太深，造成黄瓜茎着地生根，引起枯萎病，是造成嫁接黄瓜死亡的主要原因之一。其次，嫁接苗生长初期叶片少，光合作用产物需要分配到双根，导致南瓜根系和黄瓜根系养分供应不足，无法形成发达的根系。根系，不利于养分的吸收。相反，它会降低植物抵抗疾病和逆境的能力。第三，以白南瓜为砧木进行嫁接，就是利用白南瓜强大的去蜡粉能力，来提升黄瓜瓜条的光亮度。但如果留有双根，势必会降低砧木去蜡粉的能力，瓜条的亮度也会变差，从而失去用白南瓜嫁接的巨大优势。黄瓜嫁接后7天，当嫁接伤口完全愈合，嫁接苗基本成活时，必须剪根。切根前一天，最好将胚茎捏在黄瓜界面下，破坏其维管束。优点是可以缩短断根后幼苗生长的时间。次日，在距表面23厘米处将黄瓜根部剪掉。
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