大葱的茎在营养生长期为地下茎短缩呈扁圆锥体,黄白色,先端为生长点,茎上部位每节着生一片叶子,叶片具顶端优势,分蘖少。茎盘下部节着生无数条不定根。在植株生长的过程中,短缩茎稍有延长。通过春化后,生长点不再分化叶片,开始分化花芽,发育成粗壮、中空、不分枝的花垄。大葱抽薹后,生长点受到损伤,在内层的叶鞘基部萌生1-2个侧芽,并发育成新的植株,即分蘖。
大葱的假茎由多层叶销相互抱合而成,中间为生长锥,葱叶从生长锥的两侧按互生的顺序相继发生。
大葱的根系为弦线状须根,着生于短缩茎上,并随茎的伸长而陆续发生新根。根分枝性弱,根毛较少。根系主要分布在表土30厘米范围内。深培土的情况下,根系不是向深处延伸,而主要是水平延长和向上发展。大葱适于疏松、肥沃的土壤栽培。根系怕涝,若土壤湿度过大,特别是高温、高湿情况下,根系易坏死、变黑,所以浇水不宜过量,雨后及时排水。
茎大葱的茎为变态短缩茎,营养生长间期,短缩茎成圆锥形,上着生长鞘,下着生须根。进入生殖生长期,即花芽分化期,茎盘顶芽伸长为花茎,中空,顶端形成花蕾,生产种子。种子采收后,顶端优势去掉,可以从茎盘上萌发侧芽,生长成葱,人们称之为“娃娃葱”。“分葱”的茎盘上可同时萌发多个侧芽,同时进行营养生长。大葱的葱白实际上是假茎,由多层叶鞘包裹而成,是大葱的主要产品。假茎高矮、粗细和形态受品种特性影响,大葱葱白分圆柱形、鸡腿形、大头形、长白形、短白形、多枝形等多种形态。葱白高矮、粗细与栽培方法、培土高度、种植密度、肥水管理等也有密切关系。通常,培土越高,葱白越长,密度适中,肥水充足葱白越粗。